Sú staðreynd að Fiskey er í fremstu röð á sínu sviði í heiminum byggist ekki hvað síst á öflugu rannsókna- og þróunarstarfi allt frá upphafi. Rannsókna- og þróunarverkefni félaganna á liðnum árum eru mörg og hafa skilað sér í betri árangri á öllum sviðum starfseminnar. Klakfiskur Á fyrstu árum Fiskeyjar voru gerðar rannsóknir á sambandi lúðuklaks og ljóslotu. Upp úr þeim rannsóknum urðu til þrír aðskildir hrygningarhópar sem tryggja framboð á hrognum þrjú tímabil á ári. Á síðustu árum hafa farið fram umfangsmiklar rannsóknir á hrognagæðum lúðunnar og tengslum hrognagæða við fóðurgæði, meðal annars í samstarfi við rannsóknastofnanir í Noregi. Fóðurrannsóknir Lúðulirfur eru fóðraðar með ræktuðum fóðurdýrum, saltvatnsrækju, líkt og gert er hjá mörgum öðrum lirfum sjávarfiska. Snemma kom í ljós að næringarinnihald saltvatnsrækju frá náttúrunnar hendi er ekki heppilegt fyrir lúðulirfur og því voru gerðar tilraunir með að bæta næringarinnihald hennar (auðgun). Með prófunum var reynt að auðga saltvatnsrækjuna með ýmsum fóðurblöndum sem höfðu reynst vel fyrir lirfur heitsjávarfiska eins og barra (seabass) og gullbrama (seabream) en án árangurs. Í ljós kom að þróa þyrfti sérstaka fóðurblöndu fyrir lúðu. Árið 1993 voru sett af stað rannsóknaverkefni sem styrkt voru af RANNÍS og miðuðu að því að þróa nýja fóðurblöndu fyrir saltvatnsrækju sem hentaði fyrir lúðu og ef til vill aðra kaldsjávarfiska. Eftir margra ára rannsóknir og þróun tókst að búa til fóðurblöndu sem fór að skila bættum árangri árið 1996. Þróun þessarar fóðurblöndu á stóran þátt í stöðu Fiskeyjar í dag. Rannsóknir á örverum Fiskey hefur átt mjög gott samstarf við Rannsóknastofnun fiskiðnaðarins. Þriggja ára verkefni, sem styrkt var af RANNÍS, lauk árið 2000. Þá var vandlega rannsökuð sú örveruflóra sem er í eldisumhverfi lúðulirfanna og út frá þeim niðurstöðum hefur fyrirtækið þróað og endurbætt eldisferlið. Í framhaldi af þessu verkefni var sótt um styrk til að vinna annað verkefni sem byggir að töluverðu leyti á niðurstöðum fyrra verkefnisins. Tæknisjóður RANNÍS veitti verkefninu hæsta styrk sem veittur var einum umsækjanda árið 2001, eða 12 milljónir króna, vegna tveggja ára rannsókna og rann styrkurinn til Rannsóknastofnunar fiskiðnaðarins. Þetta verkefni snýst um að kortleggja örveruflóru í lúðueldi enn frekar, hvar örverur koma inn í eldisferlið og hvernig er hægt að minnka lífrænt álag í eldisferlinu. Stór hluti verkefnisins gengur út á að prófa notkun á nýju ólífrænu efni í stað lifandi þörunga við frumfóðrun lúðulirfa. Fyrstu niðurstöður benda til þess að þetta efni stuðli að fækkun baktería í eldisumhverfinu og skili jafnframt mikilli hagræðingu hvað varðar vinnusparnað, kostnað og áhættu í eldisferlinu. Nú þegar hefur Fiskey nýtt sér niðurstöður þessa verkefnis og dregið verulega úr ræktun og notkun þörunga. Einnig verða í þessu verkefni skoðuð áhrif breyttrar samsetningar örveruflóru í kerjunum þar sem valdar bakteríutegundir verða notaðar til þess að hamla gegn vexti óæskilegra baktería í kerjunum. Rannsóknir á bólusetningu seiða Fiskey hefur verið í samstarfi við Marin Harvest Rogaland og fleiri stofnanir í Noregi um rannsókn á bólusetningu lúðuseiða. Verkefnið hófst í október 2001 og er því lokið. Unnið er að því að taka saman niðurstöður og ganga frá skýrslu um verkefnið. Framlag Fiskeyjar í þetta verkefni var 1.500 lúðuseiði. Grunnrannsóknir á lífeðlisfræði og líffræði lúðu Fiskey tók þátt í stóru alþjóðlegu samstarfsverkefni á árunum 1998 til 2000, sem styrkt var af Evrópusambandinu. Það verkefni fjallaði um áhrif hormónastjórnunar á lirfugæði lúðu. Nú er hafið nýtt verkefni í samstarfi við háskóla í Gautaborg, Bergen, Cardiff og Algarve. Verkefnið hlaut styrk í janúar 2002. Heildarstyrkupphæð er um 100 milljónir króna og er hlutur Fiskeyjar um sjö milljónir króna. Þessar rannsóknir beinast að því hvaða stjórnkerfi og hormón taka þátt í myndbreytingu hjá lúðu og hvaða breytingar á þessum kerfum orsaka lélega myndbreytingu. Einnig verða könnuð áhrif þess á sömu þætti að bæta ákveðnum næringarefnum í fóðurblönduna sem saltvatnsrækjan lifir á. Verkefnið er til þriggja ára. Rannsóknir á fóðurgæðum eldislúðu Fiskey og Rannsóknastofnun fiskiðnaðarins fengu í árslok 2001 styrkveitingu að upphæð þrjár milljónir króna frá sjóði um eldi sjávardýra til að stunda rannsóknir á fóðurgæðum og mismunandi fóðrunaraðferðum. Styrkurinn rennur til Rannsóknastofnunar fiskiðnaðarins. Eldislúða er fóðruð með mismunandi fóðurgerðum á mismunandi hátt (það er fóðrað er misoft í viku) og áhrif þess skoðuð á gæði eldislúðunnar, til dæmis fituinnihald, áferð, bragð og svo framvegis. Kynbótaverkefni Samningur er við Stofnfisk um kynbætur á eldislúðu, sem miða fyrst og fremst að því að bæta vaxtarhraða lúðunnar og koma í veg fyrir snemmkynþroska hænga. Tilraunaeldi á lúðu til matfiskframleiðslu Þann 13. ágúst 2002 gerðu Fiskey og Silfurstjarnan hf. með sér samstarfssamning um tilraunaeldi á lúðu til matfiskeldis. Markmiðið er að ala lúðuna við kjörhita allan eldistímann og fá þannig mat á vaxtargetu hennar við bestu skilyrði. Samkvæmt samningnum leggur Fiskey til lúðuseiði en Silfurstjarnan húsnæði og aðstöðu, ásamt því að greiða kostnað vegna eldis fisksins. Samstarfsverkefni um þorskseiðaeldi Fiskey, Stofnfiskur, Þorskur á þurru landi og Hafrannsóknastofnunin gerðu með sér samstarfssamning um þorskeldi 16. janúar 2003. Kjarni starfseminnar verður framleiðsla þorskseiða, þar sem meðal annars verður byggt á sérfræðiþekkingu Fiskeyjar og Hafrannsóknastofnunarinnar í seiðaframleiðslu og sérfræðiþekkingu Stofnfisks í æxlun fiska og stofnerfðafræði. Stofnað var sérstakt félag um þennan rekstur IceCod ehf.